1919 yılında Azerbaycan Cumhuriyeti Meclisi’nden çıkan karar doğrultusunda Bakü Devlet Üniversitesi bünyesinde açılan dört fakültenin biri olan Azerbaycan Tıp Fakültesi’ne kadar dayanan Azerbaycan Tıp Üniversitesi, Azerbaycan tıp ilimlerinin gelişmesine büyük katkı sağlamış ve Azerbaycan Tıp leri öncüsü bir eğitim kurumudur. 1919 yılında Azerbaycan’ın en ünlü cerrahlarından biri olan Prof. İ. Ruzumovski’nin yoğun çabası ile Bakü Tıp Fakültesi bünyesinde eğitim programıyla ilgili çeşitli çalışmalar başlatılmış ve Uç ay içerisinde okul eğitim vermeye hazır hale getirilmiştir.
Bakü Tıp Üniversitesi olarak da bilinen eğitim kurumu 1922 yılında ilk mezunlarını 30 kişi olarak vermiştir. Bakü tıp eğitimi alanında bir merkez haline gelmiş ve okuldan birçok hekim mezun olmuştur. Azerbaycan Bakü Tıp Fakültesi’nin açılmasında; Prof. İ.Şirokoqorov, Prof. K.Malinovski, Prof. P.Rostovsev, Prof. S.Davidenkov, Prof. F.İlyin, Prof. L.Levin, Prof. N.Uşinski ve Prof. M.çlenov gibi isimlerin katkısı büyük olmuştur. 1930 yılında Sovyetler Birliği bünyesinde bulunan Azerbaycan’da iki fakülteli bir enstitU kurulmasına karar verilince M. Kadirli’nin rektörlüğünü yaptığı yeni bir tıp enstitüsü açılmıştır.
Azerbaycan Bakü Tıp Üniversitesi kısa zamanda eğitim alanında büyük bir gelişim göstererek 1940’lara gelindiğinde 3 fakültesinde 45 bölümü bulunan ve toplamda 500 öğrencisine 40 profesör, 45 doçent, 45 eğitmen, 137 asistan ve 16 başöğretmen ile eğitim veren dev bir yükseköğretim kurumu haline gelmiştir. 1991 yılında Sovyetler Birliği’nin parçalanması ile yeniden tam bağımsız devlet yapısına sahip olan Azerbaycan Devleti, aynı yıl içerisinde enstitüsünün Üniversite olarak eğitimine devam etmesine karar vermiştir.
Azerbaycanda eczacılık eğitimi ve çocuk diş hekimliği eğitiminin de Azerbaycan Tıp Üniversitesi bünyesinde verilmesine karar verilmiş ve Üniversitenin eğitim çeşitliliği daha da gelişmiştir. Azerbaycanda diş hekimliği eğitimi ile kısa süre içerisinde yurtdışından da ilgi gören Üniversite özellikle 1985-1999 döneminde 122 bilimsel araştırma, 55 kitap ve 138 adet eğitim bildirgesi yayımlamıştır.
Azerbaycanda fizik tedavi bölümü, eczacılık, diş hekimliği ve fizyoloji bölümlerinde verdiği yüksek seviyeli eğitimiyle günümüzde uluslararası çevrelerde saygın bir konuma sahip olan Üniversite; 7 fakültesinde toplam 7500 öğrenciye eğitim vermektedir. Azerbaycan eczacılık bölümü denince akla gelen ilk isim olan Bakü Tıp Üniversitesi; 118 profesör, 513 asistan, 212 okutman ve 284 doçentten oluşan bir akademik yapıya sahiptir. Üniversite Azerbaycan diş hekimliği alanında bir numaralı eğitim kurumu olduğu gibi, Azerbaycan fizyoloji bölümü tercihlerinin de ilk sıradaki ismidir. Tüm öğrenciler Bakü ve çevre bölgelerdeki hastane, doğum evi ve kliniklerde uygulamalı eğitim almaktadır.