Ordu Üniversitesi, 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 15 yeni üniversite kurulması hakkındaki 5467 Sayılı Kanun ile kurulmuştur.

Ordu Üniversitesi genç olmak ile beraber son derece köklü akademik geçmişe sahip iki büyük üniversitenin başarılı ve saygın farklı akademik birimlerinin bir araya gelmesi ile oluşturulması nedeniyle bir o kadar tecrübe birikimine sahiptir.

Ordu Üniversitesi; Ondokuz Mayıs Üniversitesinin Ünye İktisadi İdari Bilimler Fakültesi, Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Sağlık Yüksekokulu ve Mesudiye Meslek Yüksekokulu ile Karadeniz Teknik Üniversitesinin Ziraat Fakültesi ve Meslek Yüksekokulunun bir araya getirilmesi ile kurulmuştur. Ardından Ordu Üniversitesi kimliği ile bu birikime Tıp, Güzel Sanatlar, Diş Hekimliği ve Eğitim Fakülteleri; Fen, Sosyal ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri; Devlet Konservatuarı, Beden Eğitimi ve Spor, Turizm Otelcilik Yüksekokulları ile Fatsa, Ulubey, Akkuş, Aybastı ve İkizce Meslek Yüksekokulları eklenmiştir. Bundan sonra hedeflenen var olan tüm programları gerek akademik gerekse teknik ve fiziki anlamda donatarak öğrenci almaya hazır hale getirmektir.

Ordu Üniversitesinde öğrenen organizasyon modeli ile kalite odaklı işleyen bir yönetişim sisteminin hâkim olduğu katılımcı bir anlayış ile Ordu Üniversitesi orijinli kurumsal değerler inşa edilmektedir.

Uluslararası standartlarda bir Ordu Üniversitesi için eğitim ve araştırma siyaseti ulusal politikalar ile uyumlu bir biçimde ülkemize en yüksek yararı sağlamaya odaklanarak kurgulanmakta, eğitim programları ile araştıran, sorgulayan, eleştiren, sorumluluk sahibi, inisiyatif kullanabilen, empati yeteneği gelişmiş bireyler yetiştirilmesi hedeflenmektedir.