Bugünkü adıyla Galatasaray, tarihte ilk kez 1481 yılında Sultan II. Beyazıd tarafından Galata Sarayı adıyla bir Enderun okulu olarak kurulmuştur. Okul, devletin çeşitli yönetim kademelerine memur yetiştirmek amacıyla bugünkü Galatasaray Lisesi’nin bulunduğu yerde eğitime başlamıştır. O dönemde çalışkan ve yetenekli gençler orta dereceli bir okulda eğitildikten sonra yüksek derecedeki Enderun’a gönderilmektedir. Yatılı bir düzende, çağın gerektirdiği eğitimi veren Galata Sarayı’ndaki Saray kelimesi de, devlet işlerinin görüldüğü idare merkezi ve yüksek derecede Enderun okulu anlamındadır.
Günümüze kadar adını, geleneksel yapısını ve işlevini sürdüren devletin tek eğitim kurumu Galatasaray’dır. Ancak her kurum gibi Galatasaray da tarih boyunca bazı duraklama, gerileme ve atılım dönemleri yaşamıştır.
1838 yılında mevcut bina yeniden inşa edilmiş ve Galata Sarayı, Tıbbiye-i Şahane’ye dönüştürülmüştür. Öğretim dili Fransızca olan bu yüksek okuldan ilk Türk kadın ebeler ile sağlık alanında devlete hizmet veren kişiler yetişmiştir. Böylece sivil öğretim alanında batı bilimine yönelişin önemli bir adımı atılmıştır.
1868 yılında, Batı ülkelerini ilk ziyaret eden Osmanlı padişahı olan ve özellikle Fransa’daki öğretim kurumlarından etkilenen Sultan Abdülaziz’in emriyle bugünkü Galatasaray’ın üçüncü aşamasını oluşturan Galatasaray Mekteb-i Sultanisi hizmete açılmıştır. Fransızca öğretime ağırlık veren bu okulun kurulması için büyük çaba sarf edenlerden biri, Tıbbiye-i Şahane’den mezun, o dönemin hariciye nazırı ve daha sonra sadrazam olan Keçecizade Fuat Paşa, diğeri ise Ali Paşa’dır. Tarihi okul, gençlerin yatılı bir düzende ve tam bir vicdan özgürlüğü içerisinde eğitildikleri bir eğitim ve öğretim kurumu olmuştur.
1874 yılında ise Sultan Abdülaziz’in iradesiyle, Galatasaray Mekteb-i Aliye-i Sultanisi çatısı altında, Galatasaray Darülfünün-u Sultani Hukuk Mektebi, Galatasaray Mühendis Mektebi (Turuk ve Maabir Mektebi) ve daha sonra bunlara eklenen Galatasaray Edebiyat Mektebi’nden oluşan üç yüksekokul açılmıştır. Bu yüksekokulların idari örgütü ile ders programları Sorbonne Üniversitesi’ne uygun bir şekilde yapılmıştır. Özellikle Hukuk Mektebi, günümüzün hukuk fakültelerinin tarihi gelişimi bakımından Batı’daki emsalleri gibi öğretim veren bir okul olmuştur.
Pek çok şehzadenin yanı sıra Sultan II. Abdülhamit’in iki oğlunun da okuduğu Galatasaray Mekteb-i Aliye-i Sultanisi, özellikle Sultan II. Abdülhamit’in döneminde kendisinin büyük desteğiyle önemli gelişme göstermiş; okul bünyesinde devletin üst düzey memurlarının bilgi ve kültür düzeylerinin yükseltilmesi amacıyla kurslar da düzenlenmiştir.
Kuruluşundan itibaren bir devlet kurumu olan Galatasaray, Büyük Atatürk ve kadrosunun gerçekleştirdiği yeni devlet düzeniyle birlikte, 1924 yılından itibaren Galatasaray Lisesi adını almıştır ve o tarihten itibaren bir devlet lisesi statüsünde hizmet vermeye devam etmektedir.
Pek çok Galatasaray Lisesi mezununun gönlünde yatan “bir üniversite kurulması fikri”nin gerçekleştirilebilmesi için, mezunlar arasında bu konuda çalışan bir komisyon kurularak somut adımlar atılmıştır.
Üniversite projesini benimseyen Galatasaray Lisesi mezunlarının konuya gösterdiği büyük ilgi sonucunda kurulan ve başkanlığını Büyükelçi Coşkun Kırca’nın yürüttüğü “Üniversite Komisyonu”nda, Prof. Dr. Yıldızhan Yayla, Prof. Dr. Barlas Tolan, Prof. Dr. Erdoğan Teziç, Prof. Dr. Tahsin Yücel, Prof. Dr. Niyazi Öktem, Prof. Dr. Ethem Tolga, Prof. Dr. Haluk Erkut ve Levent Dilmaç yer almıştır. Bu komisyonun yoğun çalışmaları sonucunda, özellikle Büyükelçi Coşkun Kırca ile Prof. Dr. Barlas Tolan’ın özverili çalışmalarıyla kısa zamanda ayrıntılı bir proje ve program düzenlenmiştir. Hazırlanan program, hem Fransa hem de Türkiye’de büyük destek görmüş ve çalışmalara Dışışleri Bakanlığı adına katılan Büyükelçi Selçuk İncesu'nun başkanlığında heyetler arasında yapılan görüşmeler sonunda 6 Aralık 1991 tarihinde bir protokol imzalanmıştır. Protokolün imzalanmasından önce dönemin Cumhurbaşkanı Turgut Özal, Haziran 1991 tarihinde Elysée Sarayı’nda François Mitterand ile yaptığı görüşmede konuyu gündeme getirmiştir. Bu amaçla Türkiye’yi ziyaret eden Fransa Cumhurbaşkanı Mitterand, 14 Nisan 1992′de Galatasaray Lisesi’ne gelerek, Cumhurbaşkanı Turgut Özal ile birlikte Türk Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin ve Fransız Dışişleri Bakanı Roland Dumas’nın imzaladığı Galatasaray Üniversitesi Kuruluş Belgesi imza töreninde hazır bulunmuştur.
Böylelikle Galatasaray Lisesi mezunlarının önderliğinde hazırlanan proje, uluslararası bir tören ve belgeyle hukuksal kimliğini almış ve Galatasaray Üniversitesi bir devlet üniversitesi olarak Türk eğitim sistemine kazandırılmıştır. Galatasaray Üniversitesi, kuruluşundan itibaren bir kamu tüzel kişiliği olarak devlet üniversitesi statüsündedir ve devlet başkanlarının katılımıyla kurulan ilk ve tek yükseköğretim kurumudur.