Gümüşhane Üniversitesi 31 Mayıs 2008 tarih ve 26892 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 5765 sayılı Kanunla kurulmuştur. Gümüşhane'de Gümüşhane Üniversitesi adıyla kurulan bu Üniversite Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan İletişim Fakültesi, daha önce KTÜ'ye bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek Rektörlüğe bağlanan Gümüşhane Mühendislik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Gümüşhane Sağlık Yüksekokulu (Aşağıda belirtildiği üzere daha sonra fakülteye dönüştürüldü), Gümüşhane Meslek Yüksekokulu, Şiran Meslek Yüksekokulu, Gümüşhane Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile Erzincan Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek Rektörlüğe bağlanan Kelkit Aydın Doğan Meslek Yüksekokulu ile Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsünden oluşturulmuştur. Mühendislik Fakültesinin adı 26.04.2013 tarihli 28629 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi olarak değiştirilmiş, 16.05.2013 tarih ve 28649 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2013/4694 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu kapatılarak bunun yerine Turizm Fakültesi kurulmuş, 08.04.2016 tarihli ve 29678 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 2016/8562 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Gümüşhane Sağlık Yüksekokulu kapatılarak bunun yerine Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur.
Gümüşhane Üniversitesi kuruluşundan itibaren sürekli olarak büyümeye başlamış, buna bağlı olarak yeni Fakülteler, Yüksekokullar ve Meslek Yüksekokulları ile bölümleri açılmıştır. Kurulduğu günden itibaren bünyesine eklenen İlahiyat Fakültesi, Edebiyat Fakültesi, (Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Gümüşhane Sağlık Yüksekokulu yukarıda açıklandığı üzere bu birimlerimiz daha sonra fakülteye dönüştürüldü), Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Kelkit Sağlık HMYO, İrfan Can Köse MYO, Kürtün MYO, Torul MYO, Şiran Sağlık Hizmetleri MYO, Sosyal Bilimler MYO, Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, Organik Tarım Uygulama ve Araştırma Merkezi, Merkezi Araştırma Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi, Tıbbi Bitkiler Geleneksel İlaçlar Uygulama ve Araştırma Merkezi, Eğitim Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi, Dil Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi ile Rektörlüğe bağlı Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi, Türk Dili, Beden Eğitimi, Enformatik, Yabancı Diller, Güzel Sanatlar bölümleri ile birlikte Gümüşhane Üniversitesi halen 2 Enstitüsü, 7 Fakültesi, 1 Yüksekokulu, 10 Meslek Yüksokulu ve 6 Araştırma ve Uygulama Merkezi ve Rektörlüğe bağlı 6 bölüm ile büyümesini hızlı bir şekilde sürdürmektedir.