Köklü bir geçmişe sahip olan Fırat Üniversitesi, eğitim-öğretim hizmetine zengin bir kültür hayatı bulunan Elazığ’da başlamıştır. Daha sonra Elazığ’ın ilçeleri başta olmak üzere, Bingöl, Muş ve Tunceli illeri ile Erzincan’ın Kemaliye ilçesinde yükseköğretim kurumları açarak ve aynı zamanda lisansüstü faaliyetleri ile üniversitelere eleman yetiştirerek Doğu ve Güneydoğu Anadolu’da yükseköğretimin gelişimine önemli katkı sağlayan bir yükseköğretim kurumu haline gelmiştir.
Elazığ’da yükseköğretim, 1967 yılında açılan Yüksek Teknik Okul ile başlamıştır. Aynı yıl içerisinde Ankara Üniversitesi Senatosunun Elazığ’da Veteriner Fakültesinin kurulmasını öngören kararı, Milli Eğitim Bakanlığınca onaylanmıştır. Yüksek Teknik Okul,1969 yılında Elazığ Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi (EDMMA)’ne dönüştürülmüş, Veteriner Fakültesi de 1970 yılında Ankara Üniversitesine bağlı olarak eğitim-öğretime başlamıştır.
Elazığ’daki yükseköğretim kurumları, 11 Nisan 1975’de “Fırat Üniversitesi” adıyla tek bir çatı altında toplanmış ve Veteriner Fakültesi, Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakültelerinden oluşan bir yapı çerçevesinde faaliyete başlamıştır. EDMMA ise Mühendislik Fakültesine dönüştürülerek, 1982 yılında kurulan Tıp Fakültesi ile birlikte Üniversite bünyesinde yer almıştır.
Fırat Üniversitesine bağlı olarak kurulmuş olan fakülte, enstitü, yüksekokul ve meslek yüksekokullarının kuruluş yılları ve isimleri şöyledir:

1967 : Yüksek Teknik Okul
1967 : Veteriner Fakültesi
1969 : EDMMA (Yüksek Teknik Okul yerine)
1975 : Fen Fakültesi
1975 : Edebiyat Fakültesi
1975 : Fırat Üniversitesinin Kuruluşu (Veteriner, Fen ve Edebiyat Fak. ile)
1982 : Mühendislik Fakültesi (EDMMA yerine)
1982 : Tıp Fakültesi
1982 : Teknik Eğitim Fakültesi
1982 : Su Ürünleri Yüksekokulu (1992 Yılında Su Ürünleri Fakültesi'ne Dönüştürüldü.)
1983 : Fen Bilimleri Enstitüsü
1983 : Sağlık Bilimleri Enstitüsü
1983 : Sosyal Bilimler Enstitüsü
1983 : Bingöl MYO
1983 : Tunceli MYO
1983 : Elazığ MYO
1987 : Bingöl Hayvan Sağlığı Yüksekokulu
1987 : Muş MYO
1990 : Sağlık Hizmetleri MYO
1990 : Sosyal Bilimler MYO
1992 : Teknik Bilimler MYO (Elazığ MYO yerine)
1992 : Keban Süleyman Demirel MYO
1993 : İlahiyat Fakültesi
1995 : Elazığ Organize Sanayi Bölgesi Maden MYO (Maden MYO yerine)
1995 : Sivrice MYO
1996 : Elazığ Sağlık Yüksekokulu
1996 : Kemaliye Hacı Ali Akın MYO
1997 : Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu
1997 : Devlet Konservatuvarı
1997 : Eğitim Fakültesi
1997 : İletişim Fakültesi
1998 : Muş Eğitim Fakültesi
2001 : Muş Malazgirt MYO
2006 : Bingöl Ziraat Fakültesi
2006 : Tunceli İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
2008 : Bingöl MYO, Bingöl Ziraat Fakültesi ve Bingöl Hayvan Sağlığı Yüksekokulu, Bingöl Üniversitesine devredildi
2008 : Kemaliye Hacı Ali Akın MYO, Erzincan Üniversitesine devredildi
2008 : Muş MYO, Muş Eğitim Fakültesi ve Malazgirt MYO, Muş Üniversitesine devredildi
2008 : Tunceli MYO ile Tunceli İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Tunceli Üniversitesine devredildi
2009 : İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
2009 : Teknoloji Fakültesi (Teknik Eğitim Fakültesi kapatıldı)
2011 : Fen Fakültesi ile İnsani ve Sosyal Bilimler Fakültesi (Fen-Edebiyat Fakültesi kapatıldı)
2010 : Karakoçan MYO
2010 : Kovancılar MYO
2011 : Eğitim Bilimleri Enstitüsü
2011 : Mimarlık Fakültesi
2011 : Baskil MYO
2011 : Yabancı Diller Yüksekokulu
2013 : Diş Hekimliği Fakültesi
2014 : Spor Bilimleri Fakültesi (Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu yerine)
2014 : Sivil Havacılık Yüksekokulu
2015 : Sağlık Bilimleri Fakültesi (Elazığ Sağlık Yüksekokulu yerine).
2020-2021 Eğitim-Öğretim yılı itibariyle Fırat Üniversitesi bünyesinde;
16 Fakülte,
2 Yüksekokul,
1 Devlet Konservatuvarı,
9 Meslek Yüksekokulu,
4 Enstitü,
24 Araştırma Merkezi bulunmakta ve üniversitemiz; 9.523 önlisans, 30.803 lisans ve 5.339 lisansüstü olmak üzere toplam 45.665 öğrenci 1.862 akademik, 1.511 idari personel ile eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.